تصاعدت حدة الخلافات والاتهامات داخل المجلس الانتقالي بعد اكثر من شهر على توقيعه لاتفاق الرياض مع الحكومة الشرعية برعاية المملكة العربية السعودية. وكشفت قيادات بارزة عن فساد مالي واداري يمارس داخل المجلس بعلم قيادته وممارسات اقصاء وتهميش بحق قيادات وسطى تتم على اساس مناطقي. وقدمت عضو الجمعية الوطنية للمجلس ليلى جعفر محمد بن بريك، الاثنين استقالتها من المجلس احتجاجا على تعرضها للتجريح والتهديد لمواقفها من تهميش المجلس لحضرموت. وأشارت إلى أن التحاقها بعضوية المجلس الانتقالي كانت بهدف أن يكون المجلس في مقدمة المكونات السياسية والمجتمعية العاملة بالساحة الحضرمية خادما لحضرموت ولأبنائها وترابها. ولفتت بن بريك إلى أنها كانت تتطلع أن يكون لها دورا يسهم في تعزيز العمل في أوساط هيئات وأنشطة المجلس المختلفة وبالذات المساهمة في أنشطة الجمعية الوطنية. مبينة أن واقع الحال لم يكن وفقا لما كانت تتطلع اليه وابقاها في حيرة من أمرها، فيما يضمن لحضرموت مكانة وموقعا ذات استقلالية عن أي توجه يخالف ما يتطلع إليه الحضارم.  وأشارت بن بريك إلى أنها واجهت بمواقف معادية من قبل قيادات وأعضاء المجلس الانتقالي كونها نادت بوضع حضرموت بما يناسبها من مكانتها الجغرافية والسكانية وما تمتلك من ثروات. وأردفت مخاطبة قيادة المجلس الانتقالي "إنني على علم أنكم كنتم تعلمون بمستوى الإيذاء الذي تعرضت له من قبل بعض قيادات وأعضاء مجلسكم وهيئتكم الموقرة من تجريح يصل لحد التهديد لإثنائي والتراجع عن موقفي مما أوصلني لقناعة تامة لإختيار الإنحياز لحضرموت دون غيرها. وتعليقا على استقالة "ليلى بن بريك" قال الناشط الجنوبي نبيل عبدالله بان المجلس وكل هيئاته عبارة عن "كذبة لا يقبل ذو عقل أن يبقى مشارك فيها والاستمرار في لعبة تستخف به و بالكثير من المخدوعين". نبيل عبدالله الذي استقال من عضوية الجمعية الوطنية للانتقالي في 2018 أكد أن "كل أعضاء الانتقالي مجرد أرقام فقط وجميعهم يعلم ذلك ومن يقترب يكتشف ذلك". مشيرا الى ان استقالة بن بريك على الرغم من تاخرها تمثل "قرارا ذكيا" وان كان متأخر لافتا بأن "كذبة الانتقالي في مراحلها الأخيرة". استقالة ليلى بن بريك سبقها استقالة رئيس المجلس الانتقالي في محافظة شبوة علي السليماني الخميس الماضي وفق مصادر مطلعة. وقالت المصادر، بأن الاستقالة جاءت بعد اتهام قيادة الانتقالي له بالتسبب في سقوط شبوة بيد الشرعية. مؤكدة بأن الشيخ السليماني طالب بلجنة تحقيق في أسباب أحداث شبوة ومعاقبة المتورطين فيها وهذا ما رفضته قيادة الانتقالي في عدن وعليه قدم الاستقالة الى عيدروس الزبيدي. ويلاحظ مراقبون اتساع رقعة الاستقالات داخل المجلس الانتقالي من القيادات المنتمية لمحافظات شبوة وحضرموت و المهرة وسقطرى، وكانت قيادات بارزة في الانتقالي هاجمت قيادات حضرمية طالبت بوجود ضمانات لحفظ حقوق ابناء حضرموت في اطار اقليم حضرموت. ووصف فضل الجعدي عضو رئاسة الانتقالي تلك المطالبات بالمخطط الخبيث، مهددا بأن المجلس لن يسمح بقيام اقليم حضرموت مهما كلف الثمن.